תלמידי ישיבת חב"ד בצפת, שהקדימו לחזור ללימודים בישיבה גילו כי בהעדרם מהישיבה, הושחתו ספרי קודש, הושלכו על הרצפה וחלקם נקרע. בנוסף לכך הושחת רכוש של הישיבה ונשפך צבע על רצפת הישיבה. הוגשה תלונה למשטרה. גורם בכיר במשטרה הביע חשש שיש קשר בין חילולי בתי הכנסת בבני ברק למה שהתרחש בישיבת חב"ד בצפת. ראש הישיבה הרב יוסף יצחק וילשאנסקי הביע תדהמה מהשחתת ספרי הקודש בישיבה וחילול המקום.

בעקבות חילול הישיבה בצפת והשחתת ספרי קודש החליטו בהנהלת הישיבה להוסיף בעניינים של תורה ותפילה כדי להוסיף כנגד מי שניסו לחלל את כבוד התורה. מהנהלת הישיבה נמסר כי בעקבות כך מתכננים להוציא לאור קובץ תורני נוסף וכן להרחיב את הספריה הקיימת לרצון ונחת רוח לרבי שליט"א מלך המשיח.

בימים הקרובים ישבו נציגי הישיבה יחד עם מפקדי המשטרה לדון בדרכים השונות למנוע הישנות מקרים כאלו בעתיד. יש לציין כי לפני למעלה מחודש חוללו בתי כנסת בקריות וכן ניסיון הצתה של ישיבת 'תומכי תמימים' בקרית שמואל.